Manche Pferde entwickeln diffuse, aber auch zum Teil sehr schwere Symptomatiken, die zunächst keiner echten Ursache zugeordnet werden können. Dazu gehören wiederkehrende leichte Fieberschübe und Lethargie. Die Pferde sind dauerhaft müde und leistungsschwach. Viele Pferde zeigen angelaufene Beine, geschwollene Gelenke und allgemeine Steifheit des Bewegungsapparates. Einige Pferde entwickeln unspezifische Lahmheiten und werden sehr empfindlich auf den Hufen. Bei schweren Verläufen können Pferde starke neurologische Probleme zeigen. Dazu gehören der Hahnentritt sowie die spinale Ataxie oder auch das Wobbler-Syndrom. Viele Pferde zeigen auch großen Muskelschmerz und starke Abwehr in der Arbeit. Diese Symptomatik ist auch einem unpassenden Equipment, schlechter Reiterei oder einer Erkrankung wie PSSM zuzuordnen, wenn das Management des Pferdes nicht gut ist. Auch schwere Kreislaufprobleme sowie ein Herzödem oder Unterbauchödem kann durch eine Borreliose entstehen. Hier ist natürlich auch immer sofort ein Tierarzt hinzuzuziehen.
Neigen Pferde zudem an Verstopfungs- und Krampfkoliken, kann auch dies gelegentlich einer solchen Infektion zugeordnet werden. Die Augen schwellen bei Pferden mit Borreliose häufig an und produzieren viel Tränenflüssigkeit. Dabei schwillt sowohl das Unterlied als auch das Oberlied stark an. Die Haut reagiert gereizt mit Entzündungen und Schorfbildung. Meist tritt dies an den Beinen auf. Aber auch die Haut im Gesicht, rund um das Auge, an den Ohren und am Hals kann Veränderungen zeigen. Manche Pferde reagieren mit starkem Nesselfieber oder sogar Phlegmone auf eine Infektion. Durch diese, sehr allgemeinen Symptombilder, ist eine Borreliose nur sehr schwer von anderen Erkrankungen zu unterscheiden. Letztere kommen auch viel häufiger vor als eine Borreliose.